1453 yılında, İstanbul’un kaderinin değiştiği o karanlık gecede Ayasofya’nın taşları arasına bir sır gizlenir. Yüzyıllar boyunca sessiz kalan bu sır, zamanın derinliklerinde uyumaya bırakılır. Ta ki günümüz İstanbul’unda, Ayasofya’nın kalbinde işlenen esrarengiz bir cinayete kadar… Bu cinayet, sadece bir insanın değil, tarihin kendisinin de yeniden konuşmaya başladığının habercisidir.

Ayasofya’da bulunan cesedin göğsüne kazınmış gizemli semboller, sıradan bir suçun çok ötesine işaret eder. Özel dedektif Milas, kendini şifrelerle, kadim metinlerle ve matematiksel ipuçlarıyla örülü tehlikeli bir bilmecenin içinde bulur. Her yeni ipucu, onu İstanbul’un görünmeyen yüzüne ve geçmişin karanlık sırlarına biraz daha yaklaştırır. Ancak çözülmesi gereken bu gizem, sadece zekâ değil, cesaret de gerektirmektedir.
 
Peki Ayasofya’nın taşları gerçekten ne saklıyor? Bu sır neden şimdi uyanıyor? Ayasofya’nın Kayıp Şifresi, okuru tarihle iç içe geçen soluksuz bir maceraya davet ediyor.