Ankara Üniversitesi Siyasi Bilgiler Fakültesi Uluslararası İlişkiler Bölümü`nden 1994 yılında mezun olan Muzaffer Ercan Yılmaz, yüksek lisansını ABD`de The American University`de Ululararası Politika üzerine yapmış (1998) doktorasını ise yine ABD`de George Mason University `de Uyuşmazlık Analizi ve Çözümü üzerine tamamlamıştır. 2002 yılında bir süre George Mason University`de öğretim görevliğinide yapan Muzaffer Ercan Yılmaz aynı yıl sonunda yurda dönmüş ve Balıkesir Üniversitesi Bandırma İİBF Uluslararası İlişkiler Bölümünde göreve başlamıştır. Halen anılan üniversitede profesör doktor ve Uluslararası İlişkiler bölüm başkanı olarak görev yapmaktadır. Muzaffer Ercan Yılmaz`ın yurt dışında ve yurt içinde yayımlanmış çok sayıda makalesinin yanı sıra Uyuşmazlık Analizi ve Çözümü Etnik Çatışmalar Past Hurts and The Cyprus Conflict ile Political Islam and Conflict Management başlıklı kitapları da bulunmaktadır.