Nagel’in 1961 başyapıtı Bilimin Yapısı bilim felsefesinde en iyi çalışmalardan biridir ve Nagel’in kendisi en iyi birkaç Amerikan felsefecisi arasında sayılır. Bilimin Yapısı açıklamanın yapısını, bilimsel araştırmanın mantığını ve bilimsel bilginin mantıksal yapı ve örgütlenmesini çözümler ve çeşitli bilimlerin bilme savlarını değerlendirir.