M.S. 11941 yılında Dünya’yı Makine Yaşam Formları’ndan geri almak için İki Numara ve Dört Numara Kaala Dağı’ndaki asansörle düşman sunucusuna sızar. Bu sırada da Direniş’ten Rose ve Gerbera On İkinci Kat’ta Makine Yaşam Formları ile savaşır.
Yörünge Üssü’nde ise YoRHa Operasyonu ile alakalı süphe ve iç karışıklık hakimdir. Makine Yaşam Formları’ndan İnsanlık Konseyi ve YoRHa Operasyonu’nun gerçek amacı öğrenilir. Peki ya Makine Yaşam Formları ile verilen savaşa ne olacak?!
Yoko Taro tarafından yazılan serinin manga adaptasyonu “NieR: Automata”nın son ve dördüncü cildi!