Burak, öğretmeninin bazı zamanlarda sınıftan sessizce çıkıp bir süre sonra bambaşka bir hâlle geri döndüğünü fark eder. Yüzü daha aydınlık, sesi daha yumuşaktır. Onu böyle mutlu eden şeyin ne olduğunu çok merak eder.
Öğretmeni hastalanıp okula gelemeyince, Burak ve arkadaşları onun için bir şey yapmak ister. Bu merak onları küçük bir arayışa çıkarır ve sonunda öğretmenlerini mutlu eden yerin okulun mescidi, ona iyi gelen şeyin ise namaz olduğunu keşfederler. Küçük bir merakla başlayan bu arayış, onları büyük bir iyiliğe götürür. 
Mescit Kuşları, merakı, paylaşmayı ve sevdiğimiz biri için bir şeyler yapmanın ne kadar kıymetli olduğunu vurgulayan sıcacık bir hikâye. Aynı zamanda çocuklara, namazın insanın kalbine verdiği huzurun başkaları tarafından da nasıl hissedildiğini ve bu huzurun nasıl yayılıp çoğaldığını anlatan muhteşem bir dönüşüm hikâyesi.