Çevre Mühendisliğinin en önemli alan olan su ve atıksuların arıtımında temelde tüm arıtma prensibi uygulanmaktadır; fiziksel, kimyasal ve biyolojik. Mikroorganizmaların farklı  proseslerde kullanımı ve gerekli çevre standartlarının oluşturulması mikrobiyoloji bilimi prensiplerine göre yönetilmektedir. Mikrobiyal canlıların yaşam koşulları, ekolojik istekleri ile bu canlılarla çalışırken alınması gereken tedbirler ve iş güvenliği uygulamalarının bilinmesini gerektirmektedir.