"Bütün cadıları doğmadan önce yok etmek istiyorum."

En güçlü Büyücü Kız, Madoka Kaname`nin dileği gerçek oldu.

Geçmiş ve gelecek, evrendeki tüm cadıların ortadan kaybolduğu dünyada, bunun yerine insan duygularından beslenen hayaletler insanlara saldırmaya başlar. Mitakihara`nın huzurunu korumak için Büyücü Kızların savaşı yeniden perdelerini aralıyor!

Unutma. Her zaman her yerde biri senin için savaşıyor.

----Onu hatırladığın sürece yalnız değilsin.