"Bütün cadıları doğmadan önce yok etmek istiyorum." En güçlü Büyücü Kız, Madoka Kaname`nin dileği gerçek oldu. Geçmiş ve gelecek, evrendeki tüm cadıların ortadan kaybolduğu dünyada, bunun yerine insan duygularından beslenen hayaletler insanlara saldırmaya başlar. Mitakihara`nın huzurunu korumak için Büyücü Kızların savaşı yeniden perdelerini aralıyor!