İnanca dair bazı sorular vardır ki asırlardır insan zihnini meşgul ediyor. Böyle sorular, bu kitapta bir tartışmanın gürültüsüyle değil; hakikati arayan iki dostun samimi sohbetiyle yeniden hayat buluyor. “Allah varsa neden kötülük var?”, “İnsan gerçekten özgür mü?”, “Bilim, imanı gereksiz kılar mı?”, “Ölüm her şeyin sonu mu?”… 
Mustafa Mahmud, bir zamanlar şüpheyi ve materyalist düşünceyi bizzat yaşamış bir düşünür olarak inancı körü körüne savunmuyor; aklı, vicdanı ve modern bilimin verilerini aynı masaya davet ediyor. Ateist dostunun yönelttiği en sert itirazları sabırla dinliyor, onları küçümsemeden, öfkeye kapılmadan ve slogana sığınmadan ikna edici argümanlarla cevaplıyor. Böylece okuru hazır hükümlere değil, düşünmeye ve yeniden sorgulamaya çağırıyor.
Ateist Dostumla Diyalog, yalnızca inananlara değil; şüphe duyanlara, hakikati arayanlara ve farklı düşünceleri anlamak isteyen herkese hitap eden güçlü bir fikir yolculuğu. Çünkü bazen insanı hakikate yaklaştıran şey, kesin cevaplardan önce cesur sorular sormaktır. Ve bazen en derin diyalog başkasıyla değil, insanın kendi vicdanıyla yaptığı konuşmadır.